Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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X

Z

_

~

- b -

• b() : vg::uniform_int_distribution< T >, vg::uniform_real_distribution< T >
• BABuilder() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BABuilder, vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• back() : haplo::gbwt_thread_t
• back_translate_alignments_in_place() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter
• backbone : vg::FlowSort::Growth
• background_sampler : vg::NGSSimulator
• backing : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::SourceSinkOverlay, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• backing_files : vg::HTSWriter
• backing_graph : vg::SnarlGraph, vg::SubgraphOverlay, vg::SubpathOverlay
• backing_heads : vg::SourceSinkOverlay
• backing_index() : vg::VectorView< Item >
• backing_path_graph : vg::PathSubgraphOverlay
• backing_tails : vg::SourceSinkOverlay
• BackTranslatingAlignmentEmitter() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter
• backward : vg::NodeTraversal
• BAD_EDIT : vg::AlignmentValidity
• bad_edit_index : vg::AlignmentValidity
• bad_mapping_index : vg::AlignmentValidity
• bad_read_position : vg::AlignmentValidity
• bad_subchains : vg::Recombinator::Statistics
• badness() : vg::Haplotypes::Subchain
• BADNESS_THRESHOLD : vg::Recombinator
• badness_threshold : vg::Recombinator::Parameters
• BAM : vg::MultipathAlignmentEmitter
• BAMatrix() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• band_begin : vg::AlignmentChainModelVertex
• band_idx : vg::AlignmentChainModelVertex
• band_multimaps : vg::Mapper
• banded_matrices : vg::BandedGlobalAligner< IntType >
• BandedGlobalAligner : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix, vg::BandedGlobalAligner< IntType >
• banned_samples : vg::Recombinator::Parameters
• base : vg::WideningPRNG< PRNG, OutType >
• base_edge() : vg::AugmentedGraph
• base_graph : vg::AugmentedGraph
• base_locks : vg::Packer
• base_md5_sum : vg::SequenceDictionaryEntry
• base_path_gref_counter : vg::GrefCover
• base_path_length : vg::SequenceDictionaryEntry
• base_path_name : vg::SequenceDictionaryEntry
• base_seed_length() : vg::algorithms::Anchor
• BaseArgSpec() : vg::subcommand::BaseArgSpec< Receiver >
• baseline_error_large : vg::PoissonSupportSnarlCaller
• baseline_error_small : vg::PoissonSupportSnarlCaller
• BaseMapper() : vg::BaseMapper
• BaseOption() : vg::BaseOption< Value, Parser >
• bases : vg::MinimizerMapper::aligner_stats_t
• bases_per_chunk : vg::Constructor
• BaseValuation() : vg::subcommand::BaseValuation
• Basic : vg::IndexingParameters
• batch_file_prefix : vg::HaplotypeIndexer
• batch_size : GiraffeMainOptions, vg::ReadFilter< Read >, vg::RebuildParameters
• before : ReferenceInterval
• begin : vg::algorithms::kmer_t, vg::algorithms::walk_t, vg::kmer_t, vg::MaximalExactMatch, vg::Option< vector< Item >, Parser >, vg::PathIndex, vg::PathNode, vg::PhasedGenome, vg::ShuffledPairs, vg::VectorView< Item >, vg::ZipCodeTree
• best_cyclic_snarl_exits : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• bfs() : vg::FlowSort
• bfs_left() : vg::RepresentativeTraversalFinder
• bfs_right() : vg::RepresentativeTraversalFinder
• bga_middle : vg::MinimizerMapper::aligner_stats_t::stat_set_t
• BGZF_FOOTER_LENGTH : vg::HTSWriter
• bidirectional_gbwt : vg::GAFSorterFile, vg::GAFSorterParameters
• bidirectional_haplo_tx_gbwt : vg::IndexingParameters
• bin_for_position() : vg::Packer
• bin_size : vg::Packer
• bin_t : vg::StreamIndexBase
• bin_to_prefix() : vg::StreamIndexBase
• bin_to_ranges : vg::StreamIndexBase
• BINARY : ChainsConfig
• binary_extend_intervals() : haplo::haplo_DP_column
• bins_by_id_prefix : vg::StreamIndexBase
• bit_length : vg::BitString
• bits : vg::BitString
• BitString() : vg::BitString
• Bool : vg::multipath_alignment_t
• border : vg::PhaseUnfolder
• border_offsets : vg::Exon
• border_steps : vg::Exon
• bottom : haplo::int_itvl_t
• bottom_diag : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• bp_length : vg::PathPiece, vg::RepresentativeTraversalFinder
• bp_offset : vg::PathPiece
• break_chain() : vg::GraphCaller
• break_cycles() : vg::VG
• brute_force_alt_traversals() : vg::VCFTraversalFinder
• buffer : vg::ParallelKFFReader, vg::VcfBuffer, vg::zstd_ifstream, vg::zstd_ofstream
• BUFFER_SIZE : vg::GAFSorterParameters
• buffer_size : vg::GAFSorterParameters, vg::ReadFilter< Read >, vg::Recombinator::Parameters
• build : GBWTConfig
• build_alignments : GBWTConfig
• build_edge_indexes() : vg::VG
• build_edge_indexes_no_init_size() : vg::VG
• build_gbwt() : vg::HaplotypeIndexer
• build_gbz : GBWTConfig
• build_gfa : GBWTConfig
• BUILD_HOST : vg::Version
• build_indexes() : vg::SnarlManager, vg::VG
• build_indexes_no_init_size() : vg::VG
• build_indices() : vg::PhasedGenome
• build_jobs : GBWTConfig
• build_mode : GBWTConfig
• build_node_indexes() : vg::VG
• build_node_indexes_no_init_size() : vg::VG
• build_none : GBWTConfig
• build_paths : GBWTConfig
• build_position_table() : vg::Translator
• build_site_indices_internal() : vg::PhasedGenome
• build_subchains() : vg::HaplotypePartitioner
• BUILD_USER : vg::Version
• build_vcf : GBWTConfig
• builder : vg::RecombinatorHaplotype
• burn_in : vg::MCMCGenotyper
• by_id : vg::PathIndex
• by_start : vg::PathIndex
• byte_count() : vg::varint_vector_t, vg::ZipCode